Сладкий перец выращивают, как правило, рассадным способом. Рассаду перца выращивают в теплых парниках, пленочных теплицах и малогабаритных пленочных укрытиях в питательных горшочках, кубиках или без них.
Главным условием получения хорошей рассады является правильный подбор компонентов смеси для выращивания растений в рассадный период. 
Субстрат должен быть легким по механическому составу, рыхлым, воздухо- и влагопроницаемым, свободным от возбудителей болезней и сорняков, богатым органическим веществом, с достаточным содержанием питательных элементов, а также чтобы он ранее не имел контакта с растениями семейства пасленовых (томат, картофель, перец, баклажан и др.).
Основные компоненты субстрата для рассады — низинный торф, дерновая земля и навозный перегной. Используют также высокоплодородную полевую землю, компосты, опилки, соломенную резку, крупнозернистый песок, конский навоз, коровяк и минеральные удобрения.
Торф желательно брать низинный, хорошо разложившийся, рН солевой вытяжки 6,1–6,3. При сжатии в руке он продавливается между пальцами, а отжимаемая вода имеет темно-коричневый цвет. Если же он слабо разложился, то не продавливается между пальцами, а вода прозрачная, желтоватая. Такой торф непригоден для выращивания рассады. Нейтрализацию избыточной кислотности проводят известкованием.
Дерновую землю лучше заготавливать на супесчаной или легкосуглинистой почве. В этом случае она будет оказывать положительное действие на физические свойства питательной смеси, повышая ее влагоемкоеть, воздухо- и влагопроницаемость.
Навозный перегной не только содержит все необходимые растениям элементы питания и полезные микроорганизмы, которые способствуют переводу азота торфа в усвояемую для растений форму, но и выделяет углекислый газ, используемый растениями в качестве углеродного питания для синтеза органического вещества.
Соотношение компонентов смеси бывает различное и часто зависит от тех возможностей, которыми располагает овощевод-любитель.
В почвосмеси, используемые для выращивания рассады перца и баклажана, вносят макроудобрения (кг/м): аммиачная селитра — 1,0–1,3; суперфосфат — 3,2–4,0; калий серно-кислый — 1,0–1,5; магний серно-кислый — 0,3 и микроудобрения (г/м3): аммоний молибденово-кислый — 6; медь серно-кислая — 3; цинк серно-кислый — 3; марганец серно-кислый — 6; бура — 3; кобальт азотно-кислый — 3; железо серно-кислое — 6; борная кислота — 3.
Наиболее распространенная почвенная смесь состоит из 1–2 частей торфа, 5 частей перегноя и 3–4 частей дерновой или огородной земли.
Лучше готовить смесь с осени и хранить в теплом помещении в закрытых полиэтиленовых мешках. Целесообразно провести стерилизацию питательных смесей путем пропаривания, то есть обработать кипятком ту часть смеси, в которую высевают семена.
Для изготовления торфоперегнойных горшочков или кубиков готовят питательную смесь, состоящую из 6–7 частей торфа, 2 частей перегноя и 1 части дерновой или огородной земли. Если есть возможность, то в состав смеси включают 1 часть коровяка. Торф, перегной и дерновую землю следует просеять. Просеянную массу тщательно перемешивают в деревянном ящике с добавлением минеральных удобрений из расчета на 1 ведро смеси 15 г аммиачной селитры, 30–40 г суперфосфата и 15 г хлористого калия. Полезно в состав смеси добавить 100–200 г древесной золы. Затем питательную смесь увлажняют водой или раствором коровяка и тщательно перемешивают. Воды нужно добавить столько, чтобы образовалась однородная тестообразная масса. Из нее специальным ручным устройством изготовляют торфоперегнойные горшочки. Если такого устройства нет, то вместо горшочков можно изготовить торфоперегнойные кубики. Их делать очень просто. В деревянный ящик загружают увлажненную питательную смесь, уплотняют ее, а затем ножом разрезают в продольном и поперечном направлениях, в результате получается кубик. Размер кубика и торфоперегнойного горшочка может быть разный. Чаще всего это 6×6, 8×8 и 10×10 см.
Перед посевом или пикировкой (пересадкой) сеянцев сладкого перца ящики, горшки, стаканчики наполняются питательной смесью, но не до самого верха, чтобы при поливе вода из них не выливалась.
Сроки посева семян на рассаду определяются местом и условиями выращивания. Для выращивания перца в обогреваемых теплицах их высевают в середине февраля; в необогреваемых теплицах и парниках — в начале или середине марта, в малогабаритных пленочных укрытиях — в середине или конце марта. Обычно посев семян проводят за 55–65 дней до планируемого срока высадки рассады на постоянное место.
Успех получения урожая сладкого перца зависит от возраста и качества рассады. В зависимости от климатических условий, целей и места выращивания (теплица, парник, простейшие пленочные укрытия, открытый грунт) определяется и возраст рассады. Так, для получения плодов перца в обогреваемых пленочных теплицах используют 45-50-дневную рассаду, в открытом грунте — 60-70-дневную. Биологически полноценная рассада перца, готовая к высадке, должна быть здоровой, иметь высоту не более 20–25 см, 7-12 настоящих листьев и первые образовавшиеся бутоны.
В рассадный период растения на единицу сухого вещества выносят из почвы в 3–5 раз больше элементов минерального питания, чем в последующие периоды роста и развития. В то же время, т. к. для молодых растений нужна пониженная концентрация почвенного раствора, применяют дробное внесение элементов питания в виде подкормок. Дозы элементов питания, вносимых в подкормку, меняются в зависимости от состояния растений. Если рассада имеет бледно-зеленый цвет, следует внести азот. Когда рассада растет очень интенсивно, повышают дозу фосфора. В условиях, когда стоит холодная погода при высадке рассады, необходимо уменьшить дозу азота и увеличить дозу калия. Внекорневые подкормки рассада микроэлементами проводят в пасмурные дни, в солнечные — во второй половине дня, в зависимости от состояния рассады. При внекорневых подкормках растворы макро- и микроэлементов смешивать не рекомендуется, т. к. некоторые микроэлементы дают осадки с фосфором в форме труднорастворимых фосфатов.